지역 인재 양성의 요람으로 전문대학원의 중요도가 높아지는 가운데 우리학교 전문대학원 입학생들 중 우리학교 출신자가 10명 중 2명 꼴로 적어 논란이 되고 있다.
우리학교 전문대학원은 법학전문대학원, 의학전문대학원, 치의학전문대학원(이하 법전원, 의전원, 치전원) 등 세 개의 대학원이 운영되고 있다. 2009학년도 전문대학원 입학생 중 우리학교 출신은 법전원이 80명 중 7명, 의전원이 110명 중 24명, 치전원이 40명 중 0명이다. 이는 전체인원 중 각각 8.7%, 21.8%, 0% 등 평균 13.4%로 수도권을 비롯한 타 지역에 비해 현저히 적은 수치다.
우리학교 출신 비율이 적은 원인으로는 우선 학생들의 응시 부족을 들 수 있다. 의전원을 준비하는 A씨는 “주위에서 학비 등의 문제로 진학을 포기하는 사례도 더러 있다”며 “특히 전문대학원이라는 타이틀 때문에 지레 겁먹고 도전을 하지 않는 경우가 많다”고 전했다.
본부에서는 우리학교 학생들의 입학을 장려하기 위해 특별전형을 마련했지만, 높은 기준과 홍보 부족으로 학생들의 외면을 받는 실정이다. 특별전형 중 우리학교 출신자 우대 전형의 비율은 의전원 18명, 치전원 8명으로 2009학년도 정시모집에서 의전원의 경우 1.3대 1의 낮은 경쟁률을 기록해 정원조차 채우지 못하고 있다. 치전원의 경우는 지원자가 거의 없는 실정이다.
의전원 특별전형의 자격조건은 우리학교 학사학위 취득자로 학사학위 전 과정의 평균성적이 90점 이상, 의학교육입문검사의 3개 영역 표준점수 합이 150점 이상을 충족해야 한다. 또한 TOEFL CBT 230점(IBT 85점, PBT 570점), TEPS 730점 이상의 공인 영어시험 성적을 필수로 한다. 치전원의 경우는 치의학교육입문검사에서 150점 이상을 충족해야 하며, TOEFL CBT 250점(IBT 100점, PBT 600점), TEPS 825점 이상인 자로 의전원보다 영어 시험의 제한선이 높다. 특히 법전원의 경우는 총 정원 중 비 법학사 35% 이상, 타 대학 학위자를 50% 이상 선발하는 쿼터제를 제외하고는 본교 특별전형을 만들지 못하게 규정돼 있다.   
우리학교 출신자의 응시 비율이 낮거나 특전이 미비한 것도 원인이지만, 수도권의 지방대학원 선호도가 갈수록 높아져 본교생들의 부담을 가중시키고 있다는 점도 이 같은 현상을 부채질하고 있다. 올해 의전원과 정시모집 경쟁률은 5.4대 1로 수도권 대학에 비해 높은 수치를 기록했고, 법전원의 경우 8.1대 1로 지방 국립대 중 가장 높았다. 법전원의 경쟁률이 높은 원인은 국립대가 사립대에 비해 등록금이 낮고 우리학교의 경우 영어 성적의 제한을 두고 있지 않기 때문인 것으로 풀이된다. 의전원과 치전원의 경우도 마찬가지로 비교적 등록금이 싸고 자격 조건이 낮기 때문에 수도권에서 선호하는 것으로 보인다.
법전원은 첫 모집 결과에서 우리학교 출신자의 합격률이 낮은 만큼 준비생들의 불안감도 크다. 법전원 입학을 준비하는 B씨는 “수도권 대학의 사법고시 합격률이 높은 것을 고려해 심사위원들이 수도권 학생을 선호하는 것이 아닐까 염려된다”고 토로했다. 이에 법전원 조성규 부원장은 “본교 합격자가 적은 것은 법학적성시험에 대한 대비가 부족하기 때문인 것으로 보인다”며 “주관 개입 없이 객관적인 절차를 통해 신입생을 선발했다”고 답했다.
최근 전북지역 법전원이 지역 출신 입학생을 많이 내지 못하는 바람에 전라북도가 지원하기로 했던 로스쿨 장학금(전북대의 경우 1억4천만 원)을 도의회가 전액 삭감하려는 논란이 있었다. 그만큼 지역 인재양성에 있어 전문대학원에 거는 지역 주민들의 기대는 높다고 할 수 있다. 실력으로 승부하려는 우리학교 출신자들의 노력이 전제되고, 본부는 본교 출신자를 적극적으로 유치하기 위한 지원과 노력을 보다 강화해야 할 것으로 보인다. 
치전원 입시를 담당하는 이광원(치전원·치학) 교수는 “졸업 후 본교 출신 학생이 지역에 남는 경우가 많다”며 “지역 학생을 유치하기 위한 방안을 고심하고 있다”고 전했다.